Abstrakt
SARS-CoV-2 je označovaný ako envelope (obalový), jednovláknový, pozitívne orientovaný RNA vírus. Jeho genóm má veľkos približne 30 kb a kóduje štyri hlavné štruktúrne proteíny: Spike (S), Envelope (E), Membrane (M) a Nucleocapsid (N). V dôsledku vysokej frekvencie mutácií je evolúcia RNA vírusov rýchla, pri čom hlavnou hybnou silou evolúcie je prirodzený výber. Náhle vznikajúce mutácie môžu komplikova vývoj vakcín, no aj diagnostiku ochorenia, ktoré daný vírus spôsobuje.
Genetické varianty SARS-CoV-2 sa rozlišujú na základe prítomných mutácií v genóme. Identifikované varianty SARS-CoV-2 sa odlišujú hlavne kombináciou mutácií v sekvenciách pre Spike proteín, preto sú aj sekvenčné analýzy zamerané na túto oblas vírusového genómu. Mutácie vedú k zmenám v doménach Spike proteínu, čo má dopad na vírusovú infekčnos a schopnos napáda ľudské bunky, ale aj dostupným vakcínam sa môže zmeni efektivita voči jednotlivým variantom SARS-CoV-2. Uvedený článok referuje o možnostiach aplikácie Sangerovho sekvenovania konkrétnych úsekov génu pre Spike proteín pri určení variantov vírusu SARS-CoV-2 (obr. 1, lit. 22). Text v PDF www.lekarskyobzor.sk.
Kľúčové slová: Sangerova sekvenácia, SARS-CoV-2, Spike proteín, varianty.
Lek Obz 2022, 71 (12): 557 – 560
Zuzana FEKETOVÁ 1, Lajos GERGELY 1, Petra PRIŠČÁKOVÁ 1, Helena GBELCOVÁ 1, Daniel BÖHMER 1, Michal BERNADIČ 2,
Vanda REPISKÁ 1
1 Ústav lekárskej biológie, genetiky a klinickej genetiky LF UK a UN Bratislava, prednosta doc. MUDr. D. Böhmer, PhD.
2 Klinika chirurgickej onkológie NOÚ a SZU, Bratislava, prednosta prof. MUDr. D. Pinďák, PhD.
Citácia
FEKETOVÁ Z., GERGELY L., PRIŠČÁKOVÁ P. a kol.: Skríning variantov SARS-CoV-2 využitím sangerovho sekvenovania. Lek Obz 2022, 71 (12): 557 – 560
Screening of SARS-CoV-2 variants using Sanger sequencing
Abstract
SARS-CoV-2 is an envelope, single-stranded, positively oriented RNA virus. Its genome is approximately 30 kb in size and encodes four major structural proteins: Spike (S), Envelope (E), Membrane (M) and Nucleocapsid (N). Due to the high frequency of mutations, the evolution of RNA viruses is rapid, with natural selection being the main driving force behind evolution. Suddenly occuring mutations can complicate vaccine development, but also the diagnostics of the disease caused by the virus. Genetic variants of SARS-CoV-2 differ in mutations in the genome. The identified SARS-CoV-2 variants differ mainly in combination of mutations in the sequences coding the Spike protein, therefore sequence analyzes are focused on this region of the viral genome. Mutations lead to changes in the domains of the Spike protein, which has an impact on viral infectivity and the ability to attack human cells, but the available vaccines may also have altered efficacy against individual SARS-CoV-2 variants. This article reports on the possible applications of Sanger sequencing of specific segments of the gene coding Spike protein in the determination of SARS-CoV-2 variants (Fig. 1, Ref. 22). Text v PDF www.lekarskyobzor.sk.
Key words: Sanger sequencing, SARS-CoV-2, Spike protein, variants.
Lek Obz 2022, 71 (12): 557-560
Zuzana FEKETOVÁ 1, Lajos GERGELY 1, Petra PRIŠČÁKOVÁ 1, Helena GBELCOVÁ 1, Daniel BÖHMER 1, Michal BERNADIČ 2,
Vanda REPISKÁ 1
1 Ústav lekárskej biológie, genetiky a klinickej genetiky LF UK a UN Bratislava, prednosta doc. MUDr. D. Böhmer, PhD.
2 Klinika chirurgickej onkológie NOÚ a SZU, Bratislava, prednosta prof. MUDr. D. Pinďák, PhD.
CITE
FEKETOVÁ Z., GERGELY L., PRIŠČÁKOVÁ P. et al.: Screening of SARS-CoV-2 variants using Sanger sequencing. Lek Obz 2022, 71 (12): 557-560
