Abstrakt
Pozadie: Srdcové zlyhávanie so zníženou ejekčnou frakciou (HFrEF) je charakterizované rozsiahlymi molekulárnymi prestavbami myokardu. Rozsah, v akom sa transkriptomické zmeny líšia medzi ľavou a pravou komorou, však zostáva nedostatočne objasnený.
Metódy: Vykonali sme komparatívnu transkriptomickú analýzu myokardu ľavej a pravej komory u pacientov s HFrEF a u nepostihnutých darcov (NF) s využitím verejne dostupných údajov RNA sekvenovania (GSE161472). Diferenciálna génová expresia bola analyzovaná pomocou generalizovaného lineárneho modelu zahŕňajúceho komoru, stav ochorenia a ich vzájomnú interakciu, pričom bola aplikovaná korekcia na viacnásobné porovnávanie.
Výsledky: Celkovo bolo analyzovaných 39 376 génov naprieč 42 vzorkami myokardu. Porovnanie medzi HFrEF a NF myokardom identifikovalo 2 199 diferencovane exprimovaných génov (FDR < 0,05), z ktorých 404 vykazovalo biologicky významné zmeny expresie (|log2 fold change| > 1). Väčšina transkripčných zmien asociovaných so srdcovým zlyhávaním bola spoločná pre obe komory. Iba jeden gén, HSPB1, vykazoval štatisticky významnú komorovo špecifickú reguláciu, s vyššou expresiou v ľavej komore u pacientov s HFrEF.
Záver: Transkriptomické zmeny pri HFrEF sa javia ako prevažne spoločné pre ľavú aj pravú komoru, s obmedzeným dôkazom komorovo špecifickej modulácie v našej kohorte. Tieto zistenia naznačujú, že v pokročilých štádiách ochorenia dominujú spoločné molekulárne programy, zatiaľ čo komorovo podmienené rozdiely môžu prispieva k remodelácii myokardu len miernejším spôsobom (obr. 2, lit. 12). Text v PDF www.lekarskyobzor.sk.
KĽÚČOVÉ SLOVÁ: srdcové zlyhávanie, znížená ejekčná frakcia, ľavá komora, pravá komora, transkriptóm, sekvenovanie RNA.
Lek Obz 2026, 75 (2): 68-72
Chamber-specific transcriptomic signatures in human heart failure with reduced ejection fraction: a comparative RNA-SEQ analysis
Abstract
Background: Heart failure with reduced ejection fraction (HFrEF) is characterised by extensive molecular remodelling of the myocardium. However, the extent to which transcriptomic changes differ between the left and right ventricles remains incompletely defined.
Methods: We performed a comparative transcriptomic analysis of left and right ventricular myocardium from patients with HFrEF and non-failing (NF) donor controls using publicly available RNA sequencing data (GSE161472). Differential gene expression was analysed using a generalised linear model incorporating ventricular chamber, disease status and their interaction, with multiple testing correction applied.
Results: A total of 39,376 genes were analysed across 42 myocardial samples. Comparison between HFrEF and NF myocardium identified 2,199 differentially expressed genes (FDR < 0.05), of which 404 showed biologically meaningful expression changes (|log2 fold change| > 1). Most heart failure–associated transcriptional changes were shared between ventricles. Only one gene, HSPB1, demonstrated significant chamber-dependent regulation, with higher expression in the left ventricle in HFrEF.
Conclusions: Transcriptomic changes in HFrEF appear largely shared between left and right ventricular myocardium, with limited evidence of chamber-specific modulation in our cohort. These findings suggest that common molecular programmes predominate in advanced disease, while chamber-dependent differences may contribute more subtly to myocardial remodelling (Fig. 2, Ref. 12). Text in PDF www.lekarskyobzor.sk.
KEY WORDS: heart failure, reduced ejection fraction, left ventricle, right ventricle, transcriptome, RNA sequencing.
Lek Obz 2026, 75 (2): 68-72
Yashar JALALI
Faculty of Medicine, Comenius University in Bratislava, 5th Department of Internal Medicine, University Hospital Bratislava, Head of Department: Prof. MUDr. J. Payer, PhD., MPH, FRCP, FEFIM
